隨著農業現代化的不斷發展，有機肥在農業生產中的作用被重新強調。有機肥生產的農產品口感好，能有效保持果蔬特殊的營養和味道。有機肥不僅可以防止生態環境惡化，提高環境質量，而且在農業生產中發揮著巨大的作用。
微量元素百分之95以不溶態存在于土壤中，無法被植物吸收利用，而微生物代謝產物中含有大量的有機酸，就像在冰塊中加入熱水一樣，很快就能將植物的鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等微量元素溶解，成為植物可直接利用的礦物質，大大提高了土壤的供肥能力。有機肥使土壤有機質含量增加，使土壤粘結度降低，使砂土水分保持更好的肥力，從而使土壤形成穩定的團粒結構，就能起到很好的肥力協調供給能力。使用有機肥后，土壤將變得疏松肥沃。
有機肥可使土壤微生物大量繁殖，尤其是對土壤微生物有益的固氮菌、氨化菌、纖維素分解菌等。該菌株可分解土壤中的有機物質，增強土壤團粒結構，改善土壤成分。土壤里的微生物繁殖得很快，它們就像一張看不見的網，錯綜復雜。菌體死后，在土壤中留下了許多細小的管子，不僅增加了土壤的透氣性，而且使土壤變得蓬松柔軟，不容易流失養分，提高了土壤的蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤板結。有機肥料中的有益微生物也能阻止有害病菌的繁殖，這樣可以做到少施農藥，如果連續施藥數年，可有效阻止土壤中的有害生物，省工、省錢。
糞便進入有機肥發酵罐后，在好氧菌的作用下7天左右發酵完畢，釋放出的熱量使發酵溫度迅速升高。使用畜禽糞便中的有機質、殘留物蛋白等，在一定溫度、濕度、充足氧氣的環境條件下，迅速繁殖，有效殺滅蟲卵、病原及雜草種子，達到無害化、減量化處理標準。勞動產出優良的肥料，帶來可觀的效益，又為人類環境工程做出了巨大的貢獻。高度重視畜牧養殖業的環境保護問題，不僅能進一步減少對環境的污染，而且能不斷提高人民的生活質量，促進我國的可持續發展，走生產發展、生活富裕、生態良好的文明發展道路。
